Coronavirus, aggiornamento 4 aprile, giorno 44

Coronavirus, aggiornamento 4 aprile, giorno 44

Oggi sembrava un giorno come gli altri, ma per il nostro algoritmo, che presiede all’aggiornamento delle proiezioni sull’andamento dell’epidemia, non lo era affatto.
Attendeva i nuovi dati senza tradire alcuna emozione (come avrebbe potuto?), ma aveva già deciso che era ora di finirla con la pazienza, e se oggi non fosse arrivata una vera svolta, avrebbe aggiornato le stime.

D’accordo, questa umanizzazione dell’intelligenza artificiale è un po’ abusata.
Ma il senso non cambia: per diversi giorni il calo dei contagi è rimasto più fermo del previsto. Per un po’ si considera normale, si sa che l’andamento procede a gradini, addirittura a piccoli salti. Un buon algoritmo non rivede tutte le previsioni solo per le bizze di un giorno o due. A patto però che, prima o poi, il gradino arrivi, e si confermi la direzione.

E’ medico chiurgo vascolare all’Istituto Humanitas di Milano: questo articolo, pubblicato anche sul suo profilo Facebook, è un aggiornamento giornaliero riguardo all’andamento del COVID-19 in Italia basato sui dai ufficiali pubblicati dopo le 18 dal Ministero della Sanità.

IL CONTO DEI CASI

Sul numero dei nuovi casi di COVID19 si sollevano dubbi e allarmi quasi ogni sera, perché il conto della Protezione Civile è sempre diverso dal nostro. Curiosamente, la discrepanza non è reale, la fonte e i dati sono gli stessi, sono quelli del Ministero della Salute. Cambia il modo in cui vengono esposti. La Protezione Civile riferisce il numero dei pazienti “attualmente positivi”, e il suo incremento o diminuzione rispetto al giorno prima. Gli “attualmente positivi” sono tutti i pazienti con la malattia attiva, noti e in carico al sistema sanitario (distribuiti in ricovero ordinario, terapie intensive, e isolamento domiciliare). Non sono inclusi invece i pazienti che sono già guariti e quelli che sono deceduti. Va da sé che la differenza tra un giorno e l’altro di questo insieme di pazienti risente sì del numero dei nuovi casi (o nuovi contagi), che si aggiungono, ma anche del numero dei decessi e dei guariti del giorno, che si sottraggono al totale. Ora, se vogliamo trarre indicazione della forza del contagio in un certo momento, è solo dei nuovi casi che dobbiamo occuparci. Guarigioni e decessi sono fenomeni importanti ma distinti, e mischiarli non aiuta a capire. Per fortuna, tranne qualche telegiornale e sito internet che copia/incolla i dati della PC, il resto del mondo continua a contare i veri nuovi casi confermati. Nel caso rimangano dubbi al riguardo, nella prima slide c’è un’infografica che dovrebbe aiutare.


MOLTI TAMPONI, MOLTI CASI
Il numero di test eseguiti ogni giorno influisce sul numero di casi positivi rilevati, specialmente quando vengono eseguite estese campagne di screening sul territorio, tanto che in molti si chiedono se non sia meglio “normalizzare” il conteggio dei nuovi casi rispetto a quello dei tamponi. Tuttavia, nelle fasi più attive dell’epidemia, gran parte dei test sono eseguiti in Pronto Soccorso, e un alto o basso numero di tamponi può semplicemente dipendere da un maggiore o minore numero di accessi, per effettivo aumento o riduzione dei contagi. Non disponendo di informazione sulla provenienza dei test, non è possibile stabilire un rapporto certo con il numero di casi, e ogni tentativo di normalizzazione porta con sé un rischio di ulteriore distorsione dei dati.


I VERI CONTAGIATI
Certamente il numero reale dei contagiati è molto diverso da quello ufficiale, ma nessuno lo conosce davvero. Si ritiene generalmente che per ogni caso confermato ce ne siano da 4 a 20 volte di più. Alcune stime, non prive di basi scientifiche, arrivano a valutare che in Italia possano essere infettate 6 milioni di persone. Il dubbio che quindi i calcoli e i prospetti operati sui numeri ufficiali siano inconsistenti è legittimo. Tuttavia, un’osservazione attenta della “punta dell’iceberg”, consente ugualmente di avere un’idea sull’andamento dell’epidemia, e soprattutto sul carico sanitario, che è quello che più ci interessa.


I TAMPONI E LA LETALITA’ IN LOMBARDIA
In questa regione la diffusione del contagio ha generato un elevato numero di casi gravi, ai quali è stato necessario riservare la massima parte dei tamponi, eseguiti prevalentemente negli ospedali. Se avessimo potuto effettuare un numero maggiore di test, estendendoli al territorio, come opportunamente fatto in altre regioni come il Veneto, avremmo sicuramente trovato un numero maggiore di positivi meno gravi, lievi o addirittura asintomatici. La percentuale di positivi sul campione di tamponi sarebbe minore, e il calcolo della letalità, ossia il rapporto tra il numero dei decessi e il numero dei casi positivi, darebbe un risultato più simile a quello delle altre regioni. Resta tuttavia elevato in assoluto il numero di decessi in Lombardia, frutto amaro di un contagio che in alcune zone è dilagato incontrastato, tanto da soverchiare gli sforzi del sistema sanitario. Oltre alle migliaia di decessi in ospedale, un numero consistente di persone morte a casa o in RSA va purtroppo aggiunto al conteggio. Solo al termine dell’epidemia si definirà la mortalità, ossia il numero dei decessi diviso per la popolazione.


LA QUESTIONE DEL PICCO
Per picco epidemico si intende il momento di massimo carico sanitario, in cui il numero di pazienti in trattamento, o più in generale con malattia attiva, giunge al suo apice (nelle nostre proiezioni: l’apice delle curve gialle). Deve ancora arrivare, ma ci siamo quasi, seppure ogni zona avrà tempi diversi, come sempre. Il picco si raggiunge, in pratica, nel momento in cui ad ogni nuovo caso che entra nel contagio, uno ne esce (perché guarito o, purtroppo, deceduto), mantenendo quindi il totale dei malati invariato. Superato il picco la curva cala, allorché comincia a invertirsi il bilancio quotidiano tra nuovi contagi e pazienti che hanno un outcome. In questi giorni si sente però anche parlare di “picco dei contagi”, dicendo che è già stato superato, ed è vero. Ci si riferisce in questo caso al giorno in cui è stato massimo il numero di nuovi casi (il punto più alto della curva spezzata viola nelle nostre proiezioni). Non è un errore parlare di picco anche in questo caso, purché sia chiaro che stiamo parlando di due cose diverse. L’importanza del picco dei contagi, che precede di alcuni giorni o settimane il picco epidemico, è che è assai difficile prevederlo durante la fase ascendente dell’epidemia, ma una volta superato (e atteso che i nuovi casi per qualche giorno siano davvero mediamente in ribasso), si può più facilmente predire il successivo picco epidemico.


I TEST SIEROLOGICI
I test anticorpali misurano la risposta immunitaria contro il virus, mediante il dosaggio degli anticorpi nel sangue (a differenza dei tamponi nasofaringei, che ricercano tracce del virus nelle mucose). Considerato che gli anticorpi si formano non prima di 2-3 settimane dal primo contatto col virus, questi test hanno quindi significato al termine dell’infezione, non in fase attiva, e specialmente per valutare se un soggetto sia stato in precedenza esposto alla malattia. Sono disponibili test rapidi, da polpastrello, e test tradizionali da prelievo di sangue. I secondi appaiono più affidabili, ma sono ancora in corso le valutazioni di sensibilità e specificità di entrambi i tipi di test. Il costo e le tempistiche di questi test sono contenuti, e si prevede di poter estenderne l’uso in screening su ampie fasce della popolazione, in tempi brevi.

Translation by Matthew Geran.

Coronavirus, Update April the 4th, Day 44

Today seemed like a day like many others, but not for our algo that constantly runs the simulation of the epidemics’ trend. For the algo today was crucial. It was eagerly awaiting the new data, having already determined that if a real turn was not evident, it would have to update the projections.
Ok, this humanizing of artificial intelligence is a bit overused, but the overall idea doesn’t change. For several days the drop in new cases has been subdued, lower than expected. After a given period of time, such slow pace might be deemed normal, as the drop is supposed to be gradual with expected bumps along the way. An good algo does not revise its simulation because of two or three days of volatile data as long as at a certain point a trend is confirmed.
After all, many of you had expressed similar concerns that the wait was becoming too long and inconclusive.
Given today’s new 1.598 cases in Lombardy (even though the number of tests is always increasing) and 4.805 at a national level, we have to acknowledge that our prior previsions need to be revised for the worse (thus lengthening the time frame). To not speak of the number of the deaths that have always been stubbornly worse than the heart of our simulations (and in our hearts, truth be known) today came in once again impressively high at 681. We now expect 20.000 total deaths by the end of April, not considering the unreported ones: we remind about the existence of the latter every day, it is the least we can do.

By the way: some have good reason to believe that among those deaths there might be some related to non-infected patients that, having however serious health issues, had to stay home because of the overcrowded hospitals. I would like to ask all the people speaking about deaths “from COVID-19” and deaths “with COVID-19” and claiming that the deadliness of the virus is overestimated, if cases such as those are worth to be considered victims of such a tragedy?

Going back to the projections: it’s not just a question of adjusting the estimates and lengthening the estimated time-line. The nagging question is IF social distancing is truly effective or, better, if it’s capable of eliminating new infections. Could it just be a dampener which lessens the effect but is not capable of suffocating it? The sensation of being stuck at R0 = 1 (infected person infects someone else, and then heals) is more like a nightmare than any situation we’re capable of tolerating, even for the most patient of us…..
Mind you, there is a lot of good data, even today both in Lombardy as well as many other regions (others no, what is happening in Piemonte??). I will let you review the information on the slides, by now you know them well. It is clear we have stalled: the most telling number, the “traffic light” for Italy is fixed at 4, and refuses to budge. We are going to need more determination, stricter controls, perhaps even additional closures. If we don’t drop below 4000 new cases a day, how will we ever reach zero?
At this point, let’s hope the weekend gives us a hand, but next week will be key. We continue to hope that the numbers will prove us right, and we slowly arrive at the end of the tunnel. A further effort by all is appropriate, actually absolutely necessary…..
We’ll speak about it again tomorrow, of course.

Good evening to all,
Paolo Spada

NUMBER OF CASES
On the number of new COVID-19 cases, doubts often arise because it seldom is the same as the one provided by Italian Civil Protection. In fact the delta is not real, both the source and the data are the same (the Ministry of Health). What differs is the way they are presented. The Civil Protection publishes data of patients that are “currently positive” as well as the increase/decrease compared to the day before. By “current patients” I refer to all the patients still affected by the active disease, known by the health system and still being treated (regular hospitalization, ICU, at-home isolation). Neither recovered and deceased patients are included. It is quite straightforward that the daily difference of this set of patients is heavely impacted by the number of new cases but also by the number of daily deaths and recoveries that need to be subtracted by the total. If we want to draw conclusions from the strength of the contagion at a given point of time, we only need to focus on the new cases. Including deaths and recoveries is of no help in figuring out the trend. Luckily enough, except for some newscast and websites copy/pasting Civil Protection’s data, the majority of sources report the true new confirmed cases. In the first slide of the file is an infographic that will hopefully be of some support.


MANY TESTS, MANY CASES
The number of new tests undoubtedly influences the number of new positive cases, especially when broad screening campaigns are carried out. Accordingly, many people believe that it should be preferable to “normalize” the counting by scaling the number of new cases by the number of tests. Nevertheless, in the most active stages of the epidemics most tests are performed in the E.R. and a high/low number of tests might just depend on the higher/lower level of access to it. As we cannot rely on the information related to the source of these tests, it is not possible to define a relation with the number of cases and every attempt to normalize might results in the risk of further distort the data.


THE REAL NUMBER OF INFECTED
The real number of infected is surely much different from the one claimed by the official data, nobody knows the exact number. Some think that for every confirmed case there might be somewhat from 4 to 20 times more. Some estimates point to 6 million of potentially infected people in our country. Anyways, the “tip of the iceberg” is sometimes good representation of reality and in this case it allows us to have at least an idea of epidemics’ trend and, especially, of how under pressure the health care system is (inevitably our focus).


TESTS AND THE DEATH RATE IN LOMBARDY
The spread of the contagion in Lombardy has generated an outstanding number of serious cases, and such cases required the majority of the tests, performed in the hospitals for the large part. If we had carried out more tests across the region, as did in Veneto, we would have found a way larger number of infected (with mild or no symptoms at all). The percentage of positive tests would be lower and the death rate – the number of deaths out positive cases – would be much more in line with other regions. Having said that, the absolute number of deaths in Lombardy is high and signals how rapid and abrupt the contagion spread across the region and how severely it overwhelmed the health care system. We also need to the add the deaths at home or in the nursing homes to the deaths registered in the hospitals. Only at the end of the contagion it would be possible to determine the death rate, namely the number of deaths divided by the population.


THE QUESTION OF PEAK EPIDEMIC
For the epidemic peak , we intend the moment in which the healthcare system is at the maximum patient load: so the number of patients which are being treated or more generally with active disease is at its apex (in our projections the highest point of the yellow curve). We have yet to reach it but it will come, although it’s important to remember that the each region will reach it at different points in time. The peak is reached the moment in which each new infection is offset by someone either being or cured or sadly, passing away, maintaining the total number of cases unchanged. Once the peaked has been passed, it’s at that point that the number of active cases will begin to drop vs. patients who have an outcome. In these days, you also hear a lot about “peak infections”, saying that is has already been surpassed, which is true.
In this case it refers to the in which we experienced the maximum number of new cases (the highest part of the purple portion of the curve). It’s current to speak about the peak in this context as long as one is aware that they are speaking of two different things. The importance of the “peak infections” is that it anticipates the “epidemic peak” by days or weeks and can be extremely difficult to anticipate in the growth phase of the epidemic. Once surpassed, it’s easier to predict the “epidemic peak” with greater accuracy.


SEROLOGICAL TESTS
Antibody tests measure the immune response against the virus by measuring the antibodies in the blood (unlike nasofarin swabs which looks for traces of the virus in the mucus). Given that antibodies take 2 to 3 weeks to form from the start of the symptoms, this test is effective towards the end of the infection, not in the active stage, allowing one to be able to tell if someone has been exposed in the past to the virus. Rapid fingertip tests and traditional blood tests are available. The latter are seemingly more reliable but the sensitivity and specificity assessements of both tests are still ongoing. The cost and timing of these tests are reasonable and it’s expected that they will be used to screen a wider swath of the population in a short period of time.

Del resto, molti di voi ieri avevano avvertito la stessa sensazione, di un’attesa troppo lunga e inconcludente.

Insomma oggi, alla luce di altri 1598 nuovi casi in Lombardia (certo, i tamponi sono sempre tanti, ma tant’è), e 4805 a livello nazionale, ci spiace dirlo, ma le previsioni subiscono un allungamento dei tempi, e il relativo ritocco dei numeri dell’epidemia a fondo corsa.
Per non parlare del conteggio dei decessi, che è sempre stato, caparbiamente, ben al di sopra delle aspettative del nostro cuore informatico (anche del cuore vero, a dirla tutta), e che anche oggi deve registrare 681 morti.
Così ci troviamo ormai a dover prevedere in tutto oltre 20.000 deceduti, a fine mese.
Senza contare quelli non registrati: li ricordiamo ogni sera, ma è il minimo che possiamo fare.

A proposito: c’è chi ipotizza, con buone ragioni e numeri alla mano, che tra questi vi siano stati tanti pazienti non infettati, che avendo un’emergenza di salute (rottura di aneurisma, infarto, ecc.) siano rimasti a casa per via del noto sovraffollamento degli ospedali.
A tutti coloro che in questi giorni sottilizzano tra decessi “da” COVID e decessi “con” COVID, sottintendendo che vi sia una sovrastima della mortalità dell’epidemia, sommessamente chiedo se queste persone, nemmeno infettate, non siano anch’esse meritevoli di essere considerate vittime di questa sciagura.

Tornando ai numeri dei vivi, la questione non sta solo nel rivedere le stime e allungare un poco i tempi.
La domanda assillante è se questo isolamento sociale sia efficace, o meglio: se sia in grado di azzerare effettivamente i contagi. O piuttosto non sia solo una sordina per l’epidemia: ne smorza l’effetto, ma non riesce a soffocarla. La sensazione di essere bloccati a R0 = 1 (ogni infetto ne infetta un altro poi guarisce, e così via) assomiglia più a un incubo che a una situazione tollerabile con la santa pazienza.

Intendiamoci, di numeri “buoni” ce ne sono tanti anche oggi, in Lombardia e in molte altre regioni (altre decisamente no: che succede in Piemonte?!).
Ve li lascio scovare nelle slide, tanto ormai vi orientate bene.
Ma lo stallo complessivo è evidente (un numero su tutti? Il semaforo d’Italia: è fisso a 4, e non si muove).
Servono maggiore determinazione, controlli severi, ulteriori chiusure, eventualmente.
Se non riusciamo a scendere da oltre 4000 contagi al giorno, come si potrà mai arrivare a zero?

Ora speriamo che il weekend ci dia una mano, ma la prossima settimana sarà determinante.

Noi continuiamo a sperare che i numeri ci diano ragione, e pur lentamente, si giunga alla fine del tunnel.

Ma certo, uno sforzo ulteriore di tutti è opportuno, anzi indispensabile.

Ne riparliamo domani, naturalmente.

Dott. Paolo Spada
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